正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。

　间指向了2030年，自从爆发第四次世界大战以来，各国的政治力量发生了根本性的变化，由于战乱不断，激增的难民终于获准进入日本，以填补因经济不断发展造成的劳动力短缺。而就在此时，一个自称“个别的十一人”的恐怖组织展开了一系列极端袭击事件，难民营、外国领事馆、甚至是总理都遭到了恐怖袭击……难民抵抗运动的新领导人，同时也是“个别的十一人”的神秘前成员到底是谁？九课所掌握的众多线索也渐渐揭露了令人震惊的事实，在各种恐怖活动和突发事件的背后，有一人在阴影中操作着一切，他们策划的内幕是什么？九课能化解困境，并避免灾难性的内战吗？